Faut-il chercher du côté des conditions de stockage des produits frais ? Du côté des moyens de transport ? Du côté des grands hangars ou du côté du port de Hambourg ? La bactérie tueuse est-elle apparue chez un agriculteur ou chez un distributeur ? Autant de questions fondamentales pour les scientifiques qui s'efforcent de comprendre comment a pu naître, et se répandre à travers l'Europe comme une traînée de poudre, une nouvelle souche résistante à certains antibiotiques, et particulièrement agressive, d'une bactérie en soi banale : la très commune Escherichia coli. Jusqu'à présent, elle a rendu 1700 personnes malades, provoqué 19 morts, et ses effets se font ressentir jusqu'aux Etats-Unis.
Identifier le coupable a été chose rapide pour les scientifiques transformés en enquêteurs de l'infiniment petit. Il n'a fallu pour cela que trois jours. Les nouvelles machines de séquençage du génome mises à contribution cette semaine en Chine et en Allemagne prouvent que les chercheurs peuvent désormais découvrir en un temps record les secrets génétiques d'une bactérie. Il y a cinq ans, le travail effectué par l'institut de génomique de Pékin aurait pris des mois, souligne Paul Hunter, professeur de santé publique à l'université anglaise d'East Anglia.
Le crime restera-t-il non élucidé ?
Une telle rapidité fournit des indices importants. Le type d'E. coli identifié est ainsi connu pour s'accrocher sur la surface des végétaux, ce qui confirmerait la piste incriminant des légumes ou des salades. Mais cela n'est qu'une première étape pour les inspecteurs sanitaires. "En dépit de toutes ces superbes et précieuses données moléculaires, il faudra bien qu'un responsable de la santé arrive à découvrir où les gens ont acheté leurs laitues", souligne Paul Hunter. Le travail d'expertise en Allemagne prendra du temps et ne produira des résultats que s'il est effectué correctement.
"Retrouver l'origine nécessite un travail exhaustif, de l'enclos jusqu'à l'assiette", remarque Robert Hall, chercheur à l'université Monash, en Australie. Dans un premier temps, les enquêteurs devront interroger les patients et essayer de déterminer ce qu'ils ont mangé au cours des deux semaines ayant précédé leur intoxication, une tâche loin d'être aisée car beaucoup de gens ont du mal à retenir ce qu'ils ont mangé ne serait-ce que deux jours auparavant. Il faudra ensuite essayer de trouver les aliments communs à ces patients, établir une première sélection, pratiquer des tests microbiologiques pour découvrir in fine, en théorie, le coupable.
"Avec le temps, il est très plausible que la contamination disparaisse d'elle-même, il sera alors de plus en plus difficile de trouver d'où elle vient. Je crains que l'on se retrouve dans une situation où personne ne sera en mesure de trouver quelle ferme, ni même quel pays est à l'origine de l'épidémie", conclut Paul Hunter
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